A kromoszóma konformáció rögzítésén (3C) alapuló módszerek felfedik a kromoszóma szerveződését a magon belül a kromatin mentén lévő pontpárok fizikai közelségének meghatározásával. Megőrzik a kromatin kölcsönhatásokat keresztkötésekkel, majd fragmentációval, ligációval és a kölcsönhatásba lépő régiók szekvenálásával.
Hogyan működik a kromoszóma konformáció rögzítése?
Kromoszóma konformáció rögzítése a chipen (4C) rögzíti az egyik lókusz és az összes többi genomiális lókusz közötti kölcsönhatásokat. Ez magában foglal egy második ligálási lépést is, melynek során öncirkuláris DNS-fragmenseket hoznak létre, amelyeket inverz PCR végrehajtására használnak. … Egyetlen microarray-n körülbelül egymillió kölcsönhatás elemezhető.
Mi az a kromatin konformáció rögzítése?
A Chromatin Conformation Capture (3C) fontos technika, amelyet a kromatin szerkezetének tanulmányozására használnak, és számos más származékos technikának is az alapja. … A protokoll magában foglalja a sejtek formaldehid keresztkötését, majd kromatin izolálást és restrikciós enzimmel történő emésztést.
Hogyan működik a Hi-C szekvenálás?
A Hi-C megközelítés kiterjeszti a 3C-Seq-et a kromatinkontaktusok genomszintű feltérképezésére, és alkalmazták az in situ kromatinkölcsönhatások tanulmányozására is. Ebben a módszerben a DNS-fehérje komplexeket formaldehiddel térhálósítják. A mintát feldarabolják, a DNS-t kivonják, ligálják, és restrikciós enzimekkel emésztik.
Mi az a Hi-C technika?
A klasszikus Hi-C technika magában foglalja a formaldehiddel térhálósított genom restrikciós emésztését szekvenciaspecifikus restrikciós enzimekkel, majd az emésztett végek kitöltését és javítását biotinhoz kapcsolódó nukleotidok. A javított végeket ezután újra le kell kötni.
