A primer dimer műtermékek általában nagy küszöbciklusszámnál (általában > 35 ciklus) jelentkeznek, amely magasabb, mint a kívánt amplikon küszöbciklusszáma. A primer dimerek száma jelentősen megnő, ha heterológ genomiális DNS-t adunk hozzá.
Hol látna primer dimereket egy DNS-gélen?
A nem kvantitatív végpont PCR-ben a primer dimer többé-kevésbé halvány kenetként jelenik meg az agaróz gélen, a termék sávja alatt.
Hogyan keletkeznek a primer dimerek?
Primer dimerek keletkeznek amikor két primer egymáshoz kötődik a templát DNS helyett, a primer komplementaritású régiói miatt.
Hogyan lehet felismerni a primer dimereket?
A primer-dimerek ellenőrzésének legegyszerűbb módja összehasonlítani a reakcióit a negatív kontrollhoz (DNS vagy RNS helyett víz). A primer dimerek továbbra is képződnek a negatív kontrollban. Egyes alapozókészletek nagyobb valószínűséggel képeznek dimereket, mint mások.
Miért jelennek meg a primer dimerek?
Többnyire primer dimerek láthatók a primer magas koncentrációja miatt a PCR reakcióelegyben. Vagy ha nincs PCR amplifikáció, és az agaróz gélben a primer dimeren látható. Ha látja a PCR-terméket, akkor csökkentheti a prime koncentrációját, és a többi körülmény változatlan marad.
