Homológiai modellek is használhatók a rokon fehérjék közötti finom különbségek azonosítására, amelyek szerkezetileg még nem oldottak meg . A módszert például a Na+/K+ ATPázon lévő kationkötő helyek azonosítására használták, és hipotéziseket javasoltak a különböző ATPázok kötési affinitására vonatkozóan..
Mire használják a homológia modelleket?
A homológia modellezés az egyik olyan számítási szerkezet-előrejelzési módszer, amelyet használnak a fehérje 3D szerkezetének meghatározására annak aminosavszekvenciájából. A számítási szerkezet-előrejelzési módszerek közül ez tekinthető a legpontosabbnak. Több lépésből áll, amelyek egyszerűek és könnyen alkalmazhatók.
Mi az a homológiamodellezés, és miért van rá szükség?
A homológia modellezés egy célfehérje háromdimenziós szerkezetét kapja meg a templát és a célszekvenciák közötti hasonlóság alapján, és ez a technika hatékonynak bizonyult olyan membránfehérjék tanulmányozása során, amelyek nehéz kristályosítani, mint a GPCR, mivel jobb megértést tesz lehetővé …
Hogyan készítünk homológiamodellt?
a homológia modellezésnek több lépése is van
- sablon kiválasztása a célsorozat segítségével. Ebből a célból BLASTp keresést végezhet az összes elérhető fehérjeszerkezet (PDB) ellen. …
- A sablon és a célszekvencia igazítása. …
- A modell minősége. …
- Finomításennek megfelelően a modelljét.
Mitől jó a homológia modellezés?
Ha egy "nagyon sikeres homológiamodellt" úgy határozunk meg, hogy az empirikus struktúrából <=2 Å rmsd, akkor a sablonnak >=60%-os szekvenciaazonossággal kell rendelkeznie a céllal a sikerhez árfolyam >70%. Még nagy szekvenciaazonosságok esetén is (60%-95%) minden tizedik homológiamodell rmsd >5 Å vs.
